Servicios bioinformáticos

¿Qué se necesita para pedir un servicio?

 

Correo dirigido a uusmb@ibt.unam.mx indicando las características de los datos/muestras, preguntas que se quieren contestar o servicio requerido.
En caso de requerirse la unidad brindará servicio de asesoría y/o diseño experimental y finalmente le hará llegar una cotización al usuario.

Una vez aceptada la cotización se tendrán dos maneras de ingresar la solicitud de servicio:

    a) A través del sistema RT con correo dirigido a solicitudusmb@ibt.unam.mx, en caso de requerirse únicamente un servicio de análisis bioinformático.
    b) A través del sistema SISBI en el caso de contar con muestras biológicas a secuenciar

¿Qué tipo de servicios damos?

  1. Ensambles de novo de genomas. Predicción y anotación funcional de genes.
  2. Metagenómica. Perfiles de composición (clasificación taxonómica).
  3. Transcriptómica. Ensamble de transcriptomas, Análisis de expresión diferencial y anotación de transcritos
  4. Análisis de expresión diferencial con un genoma anotado.
  5. Llamado y anotación de variantes.

¿Qué entregamos?

  • 1.- Ensambles de novo de genomas. Predicción y anotación funcional de genes:
    • .fna == Archivo en formato fasta del genoma
    • .ffn == Archivo en formato fasta de todos los transcritos predichos
    • .faa == Archivo en formato fasta de las secuencias peptídicas
    • .gff == Archivo en formato GFF3 de anotación
    • .gbf == Archivo en formato Genbank de anotación
    • .txt == Estadística relacionada al genoma y la anotación.
    • .tbl == Archivo en formato tabular de la anotación funcional automática del “.faa”
  • 2.- Metagenómica. Perfiles de composición (clasificación taxonómica).
    • Analysis_Report.txt == resumen de resultados de asignación taxonómica por muestra mostrando el número total encontrado para cada nivel.
    • Classification.txt == tabla detallada por “contig/secuencia” de su clasificación taxonómica.
    • Taxonomy.html == interfaz gráfica del software Parallel-META.
    • count_matrix.txt == totales por especies identificadas.
    • alpha_diversity_index.txt == Índices de diversidad por muestra (SHANNON y CHAO1).
    • integrated_matrix.txt == Concatenado de los conteos de asignación taxonómica de todas las muestras.
    • Concatenado de los conteos de asignación taxonómica (por nivel) de todas las muestras.
  • 3.- Transcriptómica.
    • Ensamble de transcriptomas y análisis de expresión diferencial.
      IDEAMEX
  • 4.- Llamado y anotación de variantes.
    • alignment_vs_ref.bam == archivo en formato BAM de alineamiento de las secuencias vs la referencia
    • variant_calling.vcf == archivo en formato vcf con los resultados del llamado de variantes.
    • Variant_annotation.vcf == archivo en format vcf con los resultados de la anotación (características del cambio causado) de las variantes.


    Términos y condiciones del servicio.