Curso 2022

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El Laboratorio Nacional de Apoyo Tecnológico a las Ciencias Genómicas, a través de la Unidad Universitaria de Secuenciación Masiva y Bioinformática, con sede en el Instituto  de Biotecnología de la UNAM, con el soporte de la Red Mexicana de Bioinformática, tenemos el placer de invitarlos a este curso de HERRAMIENTAS BIOINFORMÁTICAS PARA SECUENCIACIÓN MASIVA DE ADN ENERO 2022

OBJETIVOS

  • Proporcionar a los asistentes los conceptos y habilidades básicas de herramientas bioinformáticas para el manejo y análisis de datos genómicos y transcriptómicos.
  • Proporcionar las bases metodológicas para el diseño experimental en estas áreas.
  • Proporcionar las bases suficientes para interpretar resultados de análisis de datos y generar información de utilidad.

RECEPCIÓN DE SOLICITUDES

Se recibirán solicitudes en nuestro portal de cursos SAC (Sistema de Administración de Cursos) a partir del martes 12 de Octubre y hasta cubrir el cupo máximo de personas.

Todas las solicitudes que se reciban posterior a cubrir el cupo quedarán en lista de espera, favor de enviar correo a: curso_uusmb@ibt.unam.mx

  • Para inscribirte al curso ingresa al siguiente sitio : SAC (Sistema de Administración de Cursos) 
  • Después de registrarte( si eres nuevo usuario) o bien haber iniciado sesión debes elegir el curso al que deseas inscribirte.

inscripcion_cursos_2021

CONTENIDO GENERAL DEL CURSO

  • Sistema Operativo UNIX: revisión de comandos útiles para para la
    manipulación y análisis de archivos por medio de línea de
    comandos (sin gráficos), con el fin de optimizar el procesamiento de
    archivos grandes.
  • Utilización de información existente en las bases de datos del
    NCBI (National Center for Biotechnology Information).
  • Lenguaje de programación R: para realizar análisis estadístico
    y generar gráficas con información sintetizada y de calidad
    para ser incluida en publicaciones.
  • Introducción a las tecnologías de Secuenciación Masiva.
  • Control de calidad, filtrado y limpieza de datos, alineamiento y
    manejo de bamtools y samtools.
  • Ensamblado de genomas y transcriptomas.
  • Predicción y anotación de genes.
  • Ensamblado metagenómico
  • Análisis de expresión diferencial de genes o transcritos.

PERFIL DEL PÚBLICO ASISTENTE:

El Curso está dirigido a público con conocimientos en biología y/o afines, con interés en biología molecular, genómica y bioinformática.

Se extenderá constancia de participación a los asistentes que concluyan
el proceso de inscripción, realicen el pago correspondiente y asistan, como mínimo, al 80% de las clases.

Es  necesario contar con equipo de cómputo para tomar los cursos, ya que se
utilizará como  terminal para conectarse a nuestro servidor de cómputo.  El sistema operativo del equipo de cómputo puede ser cualquier distribución de Linux,  MacOS, o Windows,  este último con algún emulador de terminal, como MobaXterm (en windows 10 existe una versión de terminal llamada Power Shell).

FECHAS DEL CURSO

  • El curso se llevará a cabo en formato online 
  • del lunes 17 al viernes 28 de ENERO  del 2022
  • de 10:00 a.m a 18:00 pm (Centro de México, GMT-5 ), cubriendo un total de 70 hrs en 10 días.

COSTOS

  • $125 USD, ($2,500.00 MXN). Estudiantes con comprobante oficial vigente.
  • $185 USD, ($3,700.00 MXN). Público general interesado en tomar el curso

Los costos antes mencionados incluyen una membresía por un año a la Red Mexicana de Bioinformática  ó el descuento del 10% al 20% a los miembros activos.

La lista de aceptados se irá publicando según se aprueben y validen sus documentos y pagos.

MODO DE PAGO

Una vez que el interesado llene la SOLICITUD DE INSCRIPCIÓN eligiendo el curso al que se desea inscribir,  podrá realizar su pago con las instrucciones que les enviaremos a su correo electrónico. Nota: es importante mencionar que en el caso de los estudiantes, al momento de seleccionar el curso al cual desea inscribirse, se le solicitará un comprobante oficial vigente de estudiante.

También es importante mencionar que al momento de realizar el pago, es importante definir como concepto: “CURSO UUSMB”

DISEÑO Y METODOLOGÍA DEL CURSO

El curso se llevará a cabo de manera virtual usando la plataforma Zoom.  Las sesiones serán grabadas y permanecerán disponibles hasta 48 horas después del evento. Además habrá apoyo técnico para la instalación de los ambientes de terminal tipo Linux, y resolución de problemas durante todo el evento.

 

Programa

Herramientas Bioinformáticas para Secuenciación Masiva

Día 1. Lunes 17 de Enero de 2022. Introducción a la bioinformática en línea de comandos

HORARIO TEMA PONENTE
09:30 – 09:45 Registro de participantes. Definición de reglas e instrucciones para acceder al material.
09:45 – 10:00 Presentación del curso, módulos, profesores y horarios. Dr. Alejandro Sánchez
10:00 – 12:00 Instalación de un ambiente Unix  e introducción a los sistemas operativos en línea de comandos.  Jèrôme Verleyen
12:00 – 12:15 Receso
12:15 – 14:00 Línea de comandos, Bash Jèrôme Verleyen
14:00 – 15:00 Receso
15:00 – 16:30 Línea de comandos, Bash Jèrôme Verleyen
16:30 – 16:45 Receso
16:45 – 18:00 Línea de comandos, Bash Jèrôme Verleyen

Día 2. Martes 18 de Enero de 2022. Introducción a la bioinformática en línea de comandos

HORARIO TEMA PONENTE
10:00 – 12:00 Línea de comandos, Bash Jèrôme Verleyen
12:00 – 12:15 Receso
12:15 – 14:00 Línea de comandos, Bash Jèrôme Verleyen
14:00 – 15:00 Receso
15:00 – 16:30 NCBI, Bases de datos Biológicas Jèrôme Verleyen
16:30 – 16:45 Receso
16:45 – 18:00 NCBI, Bases de Datos Biológicas Jèrôme Verleyen

Día 3. Miércoles 19 de Enero de 2022. Introducción a las metodologías de Secuenciación Masiva

HORARIO TEMA PONENTE
10:00 – 12:00  Introducción a las metodologías de Secuenciación Masiva Alejandro Sánchez
12:00 – 12:15 Receso
12:15 – 14:00 Análisis de Calidad Karel Estrada
14:00 – 15:00 Receso
15:00 – 16:30 Limpieza por calidad o adaptadores Karel Estrada
16:30 – 16:45 Receso
16:45 – 18:00 Limpieza por calidad o adaptadores Karel Estrada

Día 4. Jueves 20 de Enero de 2022. Alineamientos y herramientas

HORARIO TEMA PONENTE
10:00 – 12:00 Concepto de Alineamiento y análisis de alineadores Verónica Jiménez
12:00 – 12:15 Receso
12:15 – 14:00 Concepto de Alineamiento y análisis de alineadores Verónica Jimenez Jacinto
14:00 – 15:00 Receso
15:00 – 16:30
  • Formatos sam y bam 
  • Uso de samtools y bamtools, bedtools
Verónica Jimenez Jacinto
16:30 – 16:45 Receso
16:45 – 18:00 limpieza de genoma hospedero con samtoos Verónica Jiménez

Día 5. Viernes 21 de Enero de 2022. Ensamblado de Genomas Novo

HORARIO TEMA PONENTE
10:00 a 12:00 Introducción a los conceptos básicos de reconstrucción de secuencias. 

  • OLC
  • Gráficas de De Bruij
Karel Estrada
12:00 – 12:15 Receso
12:15 – 14:00 Herramientas para llevar a cabo ensamblado de genomas de novo con lecturas cortas y lecturas larga Karel Estrada
14:00 a 15:00 Receso
15:00 – 16:30 Herramientas para llevar a cabo ensamblado de genomas de novo con lecturas cortas y lecturas larga Karel Estrada
16:30 – 16:45 Receso
16:45 – 18:00 Predicción de genes Karel Estrada

Lunes 24 de Enero de 2022. Ensamblado de Novo de trascriptomas

HORARIO TEMA PONENTE
10:00 – 12:00 Introducción al ensamblado de transcritos  Veronica Jiménez Jacinto
12:00 – 12:15 Receso.
12:15 – 14:00 Transcriptoma de Novo con Trinity Verónica Jiménez Jacinto
14:00 – 15:00 Receso.
15:00 – 16:30 Generación de Tabla de Conteos Verónica Jiménez Jacinto
16:30 – 16:45 Receso
16:45 – 18:00 Interpretación de resultados Verónica Jiménez Jacinto

Día 7. Martes 25 de Enero de 2022. Lenguaje R

HORARIO TEMA PONENTE
10:00 a 12:00 Introducción a R Leticia Vega Alvarado
12:00 – 12:15 Receso
12:15 – 14:00 De variables a Data Frames en R Leticia Vega Alvarado
14:00 – 15:00 Receso
15:00 – 16:30 Graficando datos con ggplot en R Leticia Vega Alvarado
16:30 – 16:45 Receso
16:45 – 18:00 Graficando datos con ggplot en R Leticia Vega Alvarado

Día 8. Miércoles 26 de Enero de 2022. Ensamble Metagenómico

HORARIO TEMA PONENTE
10:00 a 12:00 Introducción amplicones 16S, ecología microbiana y Análisis de secuencias de amplicones Tina Godoy/Alejandro Sanchez/Ricardo Grande
12:00 a 12:15 Receso.
12:15 – 14:00 Análisis de secuencias de amplicones 16S: Qiime2. Ernestina Godoy
14:00 – 15:00 Receso.
15:00 – 16:30 Anotación taxonomica Ernestina Godoy
16:30 – 16:45 Receso
16:45 – 18:00 Core metrics, diversidad alfa y beta Ernestina Godoy

Día 9. Jueves 27 de Enero de 2022. Ensamblado Metagenómico

HORARIO TEMA PONENTE
10:00 – 12:00 Análisis de resultados de 16s con R, con librerías qiime2R  Ernestina Godoy
12:00 – 12:15 Receso.
12:15 – 14:00 Análisis de resultados de 16s con R, con librerías qiime2R  Ernestina Godoy
14:00 – 15:00 Receso .
15:00 – 16:30 Análisis de resultados de 16s con R, con librerías qiime2R  Ernestina Godoy
16:30 – 16:45 Receso
16:45 – 18:00 Análisis de resultados de 16s con R, con librerías qiime2R  Ernestina Godoy

Día 10. Viernes 28 de Enero de 2022.Expresión Diferencial y Anotación

HORARIO TEMA PONENTE
10:00 – 12:00 Expresión Diferencial Leticia Vega Alvarado
12:00 – 12:15 Receso.
12:15 – 14:00 Expresión Diferencial Leticia Vega Alvarado
14:00 – 16:00 Comida de Cierre.

  1. Preprara tu comida y bebida favorita
  2. Pláticanos acerca de tu lugar de origen, tu platillo favorito o bebida favorita