Una muestra biológica (no patógena) o bien una muestra de ADN o ARN purificado (revise nuestros términos y condiciones)

De manera estándar trabajamos el servicio de:

• Secuenciación de ADN genómico
• Secuenciación de ARN
• Secuenciación de amplicones 16S (V3-V4) e ITS
• Secuenciación smallRNA

Puede probar nuestra calculadora de costos la cual le dará un costo aproximado de su proyecto dando click en el siguiente enlace:

Calculadora de costos

Para mayores informes, requerimos más información de tu proyecto, puede solicitar costos y cotizaciones en la dirección:

uusmb@ibt.unam.mx

Esto dependerá del tipo de servicio:

ADN GENÓMICO

Se requiere de un mínimo de 3 μg de gdna, cuantificado por un método fluorométrico y deberá venir disuelto en “elution buffer” (eb) o tris-hcl 10 mm, ph 7.5 en un volumen no mayor de 100 μl en un tubo de 1.5 ml

Además de la concentración, la muestra debe tener una relación de absorbancia 260/280 entre 1.8-2 y para la absorbancia 260/230 entre 2.0-2.2. Esto puede ser cuantificado en un nanodrop

Para las bibliotecas de oxford nanopore minion, el ADN deberá ser de alto peso molecular (≥ 30 kb), sin evidencias de degradación. Antes de su envío, se deberá correr una muestra en un gel de agarosa al 0.5% y enviarnos una imagen para su evaluación. La pureza de las muestras, reflejada en los valores de relación de absorbancia, es un criterio determinante en la aceptación de las muestras para la construcción de bibliotecas para la plataforma minion de oxford nanopore

Para bibliotecas de illumina previamente construidas por usuario, este se deberá comprometer a entregar 20 μl de una solución cuantificada y normalizada a 4 nm, lista para cargar, quedando la uusmb libre de toda responsabilidad si la cuantificación no fue adecuada.

AMPLICONES

• Se requiere de un mínimo de 500ng de gdna en 50μl deeb en un tubo de 1.5ml, a una concentración de 10 ng/μl, cuantificado por un método fluorométrico.
• Además de la concentración, la muestra debe tener una relación de absorbancia 260/280 entre 1.8-2 y para la absorbancia 260/230 entre 2.0-2.2. Esto puede ser cuantificado en un nanodrop.
• Previo a su envío a la uusmb, el usuario deberá enviar una imagen de un gel en donde haya corrido sus amplicones para efectos de evaluación.
• Los amplicones se generan adaptando el protocolo de illumina para 16s rrna, en el cual se usan oligonucleótidos específicos contra alguna región de interés. En caso de que el usuario decida realizar sus propios amplicones, tiene que incluir las siguientes secuencias en el extremo 5’ de sus oligos:
  
  Oligo fw = tcgtcggcagcgtcagatgtgtataagagacag.
  
  oligo rv = gtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacag.
  
  El tamaño del amplicón, no deberá ser mayor a 550 pares de bases (pb).
  
  En caso de que el usuario realice su propio amplicon siguiendo el protocolo de illumina llegando al paso previo de barcoding, las muestras deberán entregarse purificadas de gel y resuspendidas en 15 μl de elution buffer (eb) o tris-hcl 10 mm, ph 7.5, cuantificadas y normalizadas.

ARN SEQ

• Se requiere de un mínimo de 3 μg de ARN total de la más alta calidad posible, con un valor de rin (rna integrity number) igual o mayor a 8.
• El ARN deberá venir disuelto en agua libre de rnasas, en un volumen no mayor de 50 μl en tubos de 1.5 ml.
• En un tubo independiente de 200 μl para pcr, el usuario entregará 3 μl de ARN total de la misma preparación que la muestra principal para análisis en bioanalyzer.
• Rrna (ARN ribosomal) y entregará a la unidad un mínimo de 100 a 200 ng de ARN libre de rrna en un volumen 10 a 15 μl de agua libre de rnasas. Será responsabilidad del usuario el remover la mayor cantidad posible de ARN. Para este tipo de muestras, no se realizará ningún análisis en bioanalyzer previo a la construcción de la biblioteca, por ser una concentración muy baja la del material inicial. Si posterior a la secuencia se obtiene una gran cantidad de secuencias ribosomales, la uusmb quedará libre de toda responsabilidad en todo el servicio por ser un procedimiento (remoción de los rrna) que depende del usuario.

SMALL RNA

Se requiere de un mínimo de 3 μg de ARN total de la más alta calidad posible, con un valor de rin (rna integrity number) igual o mayor a 8. El ARN deberá venir disuelto en agua libre de rnasas, en un volumen no mayor de 50 μl cuando se trate de ARN total o 10 μl de ARN en tubos de 1.5 ml.

En un tubo independiente de 200 μl para pcr, el usuario entregará 3 μl de ARN total de la misma preparación que la muestra principal para análisis en bioanalyzer cuando se trate de ARN total. Cuando se trate de ARN enriquecido para rnas pequeños, no se hará ningún análisis en bioanalyzer previo a la construcción de la biblioteca por ser una concentración muy baja la del material inicial.

NOTA:

Esto dependerá del tipo de servicio:

ADN GENÓMICO

Se requiere de un mínimo de 3 μg de gdna, cuantificado por un método fluorométrico y deberá venir disuelto en “elution buffer” (eb) o tris-hcl 10 mm, ph 7.5 en un volumen no mayor de 100 μl en un tubo de 1.5 ml

AMPLICONES

Se requiere de un mínimo de 500ng de gdna en 50μl deeb en un tubo de 1.5ml, a una concentración de 10 ng/μl, cuantificado por un método fluorométrico.

RNASEQ

Se requiere de un mínimo de 3 μg de ARN total de la más alta calidad posible, con un valor de rin (rna integrity number) igual o mayor a 8.el ARN deberá venir disuelto en agua libre de rnasas, en un volumen no mayor de 50 μl en tubos de 1.5 ml.

En un tubo independiente de 200 μl para pcr, el usuario entregará 3 μl de ARN total de la misma preparación que la muestra principal para análisis en bioanalyzer.

SMALLRNASEQ

Se requiere de un mínimo de 3 μg de ARN total de la más alta calidad posible

1. Debe registrarse como usuario en el Sistema de Información de Secuenciación y Bioinformática
2. Debe acceder desde SISBi a nuestra calculadora para cotizar un servicio. En caso de tener alguna duda puede escribirnos directamente al correo uusmb@ibt.unam.mx

Para el servicio de secuenciación, se entregan los siguientes resultados:

• Análisis de control de calidad de la secuenciación
• Archivos de texto con los Datos crudos de secuencias en formato FASTQ
• Análisis de control de calidad de la secuenciación.
• Resultados del análisis bioinformático, en caso de haber sido solicitado

Para la entrega de resultados es necesario que contamos con una cotización y el comprobante de pago del servicio.

La entrega puede realizarse de las siguientes formas:

• Copia a un sistema de almacenamiento (Disco Duro, USB, Disco Compacto,etc), realizada en la unidad.
• Generación de una página de descarga que se puede consultar via WEB desde cualquier lugar. La desventaja de esta opción es que puede ser lenta si los archivos son muy grandes o muchos y la velocidad de internet disponible no es óptima.
• Translado de los datos via un protocolo de scp a un servidor donde el presonal de la UUSMB tenga acceso.

• Ensamblado de genoma
  Ensamblado de Novo de genomas con predicción y anotación de genes.
• Ensamblado de transcriptoma
  Ensamblado de Novo de transcriptomas y anotación.
• Análisis de expresión diferencial
  Análisis de expresión diferencial para experimentos de mRNA, miRNA o smallRNA.
• Perfiles taxonómicos de amplicones
  Determinación de perfiles taxonómicos usando el gen 16S para bacterias e ITS para hongos.
• Perfiles taxonómicos de WMS
  Determinación de perfiles taxonómicos para datos de secuenciación de Whole Metagenome Shotgun (WMS).
• Identificación de variantes virales
  Identificación de linaje y llamado de variantes de SARS-CoV-2 y Monkeypox.
• Análisis de variantes
  Llamado y anotación de variantes de la secuenciación respecto a una referencia dada.
• Depósito de secuencias
  Depósito de secuenciase información en bases de datos públicas (NCBI).
• Desarrollo de software
  Generación de herramientas y "pipelines" bioinformáticos ad hoc.