Cuando el usuario lo considera necesario, el primer paso puede ser tener una asesoría para la construcción del proyecto, la cual se lleva a cabo por el Dr.Alejandro Sánchez o el Dr.Ricardo Grande por medio de cualquiera de nuestras fromas de contacto.

Se puede hacer una aproximación del costo al proyecto con fines informativos mediante nuestra calculadora de costos o hacer una solicitud de cotización accediendo a la misma siendo usuario de nuestro sistema SISBi.

Para poder solicitar un servicio es necesario estar registrado como usuario en nuestro sistema SISBi. Si usted tiene capacidad de pago, puede generar un proyecto y dar de alta a otros colegas autorizados para darle seguimiento a sus proyectos.

Es necesario generar un proyecto para poder dar de alta una o varias muestras, así como es recomendable dar detalles del mismo y de sus muestras. Un proyecto le va a permitir consultar información relacionada a éste, su estatus y resultados. Es importante que el responsable del proyecto sea aquella persona responsable y con capacidad de realizar el pago.

Las muestras asociadas a un proyecto deben ser registradas en éste antes de ser recibidas por la UUSMB. Le recomendamos registrar todos los detalles disponibles sobre sus muestras. Las muestras se pueden registrar de manera individual o en bloque usando el excel que se puede descargar para dicho fin.

Las condiciones y cantidades que se deben cumplir en una muestra se describen en nuestros términos y condiciones. Teniendo sus muestras registradas en SISBi, sus muestras pueden ser recibidas en la UUSMB de Lunes a Jueves de 9:00 AM a 2:00 PM.

En la UUSMB corroboramos la calidad por diferentes métodos. Por electroforesis en capilar Bioanalyzer 2100 para determinar la integridad y concentración de muestras de RNA. Por fluorometría para determinar la concentración en ng/μL de una muestra de DNA. Y determinamos la integridad del material genético en geles de agarosa. Si las muestras cumplen con lo establecido en nuestros términos y condiciones, el proceso continúa, si no lo cumplen, serán rechazadas, excepto que el usuario solicite continuar con el proceso, con las muestras en status de “condicionadas” lo que implica que la UUSMB ya no está obligada a entregar el rendimiento o calidad comprometida.

Para el material genético pueda ser secuenciado, deben construirse bibliotecas. En este proceso, el material genético, se debe fragmentar, repararse en los extremos y convertirse en bibliotecas de secuenciación. Las cuales son conjuntos de fragmentos de ADN que contienen secuencias adaptadoras compatibles con una plataforma de secuenciación específica y códigos de barras de indexación para la identificación de muestras individuales.

Con ayuda de equipos de secuenciación de segunda y tercera generación, determinamos el orden de las bases nitrogenadas; G (guanina), C (citosina), A (adenina) y T (timina) de las moléculas de DNA que conforman una biblioteca. Con la plataforma Illumina, obtenemos el orden de las bases a través de una reacción de secuenciación por síntesis, mientras que para la plataforma Oxford Nanopore, el orden de las bases se obtiene a través de la secuenciación por poros. Ambas plataformas, generan archivos del tipo fastQ que son tomados por el personal de área de bioinformática para ensamblar las secuencias y obtener la secuencia completa del o los cromosomas de un organismo.

Cuando el aparato termina el proceso de secuenciación, es necesario llevar a cabo un proceso de llamado de bases en el cual, mediante software especializado se generan los archivo de secuencias en formato fastq, cuando este proceso termina, es responsabilidad de la UUSMB, evaluar la calidad, rendimiento, precencia o ausencia de adaptadores, posibilidad de algún contaminante, presencia de un porcentaje considerable de N’s (arriba del 1%) o porcentajes de duplicidad de alguna secuencia por encima del 1%. todo esto es la evaluación de calidad de la corrida conocida como “qc”. A partir de los resultados se pueden tomar decisiones como la de eliminar bases de baja calidad o limpiar adaptadores o limpiar el genoma del hospedero.

Si todo es favorable en el paso anterior, las secuencias se entregan al usuario. La entrega de las secuencias en formato FASTQ puede ser vía ligas URL para su descarga o de forma física al traer a la UUSMB una USB o Disco Duro. Las secuencias en formato FASTQ también se pueden transferir algún servidor donde los miembros de la UUSMB tengamos acceso (servidor meyahil de CCG, por ejemplo).

Visite nuestro catálogo de servicios bioinformáticos para conocer los análisis disponibles y nuestras preguntas frecuentes si tiene alguna duda. El servicio bioinformático se encuentra sujeto principalmente a un correcto diseño experimental que permita realizar el análisis solicitado. Puede solicitar una asesoría personalizada para resolver cualquier duda que tenga al respecto.

La entrega de los resultados se hace vía ligas URL para su descarga, donde se incluye una breve explicación del análisis y los resultados encontrados. También se entrega un documento pdf con los detalles y descripción de todo el proceso, desde la recepción de las muestras hasta la entrega.