• La UUSMB cuenta con el servicio de extracción de ácidos nucleicos a partir de material biológico como: cultivos celulares, semillas, muestras ambientales, tejido vegetal o animal con la restricción de que no se trate de organismos patógenos


• La UUSMB puede hacer entrega del material genético extraído con su análisis de calidad correspondiente, o bien, continuar con la construcción de bibliotecas para secuenciación.

• Se puede realizar la construcción de bibliotecas con los kits disponibles para secuenciación en la UUSMB, o bien, por algún kit provisto por el usuario. Después de la construcción de bibliotecas se puede hacer entrega de la biblioteca construida y su cuantificación o bien continuar con el servicio de secuenciación en las plataformas disponibles en la UUSMB


• La UUSMB cuenta de manera estandarizada con la construcción de bibliotecas a partir de los kits:
  
  
  • TruSeq Stranded mRNA HT Illumina
  • TruSeq Small RNA Sample Prep Kit
  • Nextera® Flex DNA Sample Preparation Kit (96 Samples)
  • NEXTERA XT INDEX KIT v2

La UUSMB cuenta con las siguientes plataformas de secuenciación:

Illumina

• NextSeq 500
• iSeq

Oxford Nanopore Technologies

• MinION

En la sección Infraestructura Infraestructura podrá consultar las especificaciones de cada plataforma así como sus principales aplicaciones.

La UUSMB ofrece el servicio de análisis bioinformático tanto para muestras que hayan sido secuenciadas en nuestras instalaciones como para las secuencias obtenidas en algún otro laboratorio.

El servicio de análisis bioinformático está condicionado a un diseño experimental correcto que permita tener la significancia estadística.

Algunos de los análisis bioinformaticos que se ofrecen son:

• Ensamblado de genoma
  Ensamblado de Novo de genomas con predicción y anotación de genes.
• Ensamblado de transcriptoma
  Ensamblado de Novo de transcriptomas y anotación.
• Análisis de expresión diferencial
  Análisis de expresión diferencial para experimentos de mRNA, miRNA o smallRNA.
• Perfiles taxonómicos de amplicones
  Determinación de perfiles taxonómicos usando el gen 16S para bacterias e ITS para hongos.
• Perfiles taxonómicos de WMS
  Determinación de perfiles taxonómicos para datos de secuenciación de Whole Metagenome Shotgun (WMS).
• Identificación de variantes virales
  Identificación de linaje y llamado de variantes de SARS-CoV-2 y Monkeypox.
• Análisis de variantes
  Llamado y anotación de variantes de la secuenciación respecto a una referencia dada.

Otros servicios:

• Depósito de secuencias
  Depósito de secuenciase información en bases de datos públicas (NCBI).
• Desarrollo de software
  Generación de herramientas y "pipelines" bioinformáticos ad hoc.

La UUSMB cuenta con un cluster disponible para su uso bajo solicitud de una cuenta. Para la solicitud de una cuenta nominativa en el cluster Teopanzolco se debe de cursar de manera satisfactoria el curso correspondiente junto con los ejercicios señalados durante el mismo.

En la sección Infraestructura podrá consultar más información al respecto.