• Proporcionar a los asistentes los conceptos y habilidades básicas de herramientas bioinformáticas para el manejo y análisis de datos genómicos y transcriptómicos.
• Proporcionar las bases metodológicas para el diseño experimental en estas áreas.
• Proporcionar las bases suficientes para interpretar resultados de análisis de datos y generar información de utilidad.

• Sistema Operativo UNIX: revisión de comandos útiles para para la manipulación y análisis de archivos por medio de línea de comandos (sin gráficos), con el fin de optimizar el procesamiento de archivos grandes.


• Utilización de información existente en las bases de datos del NCBI (National Center for Biotechnology Information).


• Análisis de expresión diferencial de genes o transcritos.


• Introducción a las tecnologías de Secuenciación Masiva.


• Control de calidad, filtrado y limpieza de datos.


• Alineamiento y manejo de bamtools y samtools.


• Ensamblado de genomas y transcriptomas.


• Lenguaje de programación R: para realizar análisis estadístico y generar gráficas con información sintetizada y de calidad para ser incluida en publicaciones.


• Predicción y anotación de genes.


• Ensamblado metagenómico

El Curso está dirigido a público en general (nacional e internacional) con conocimientos en biología, computación y/o afines, con interés en biología molecular, genómica y bioinformática.

Es necesario contar con equipo de cómputo para tomar los cursos, ya que se utilizará como terminal para conectarse a nuestro servidor de cómputo. El sistema operativo del equipo de cómputo puede ser cualquier distribución de Linux, MacOS, o Windows, este último con algún emulador de terminal, como MobaXterm (en windows 10 existe una versión de terminal llamada Power Shell).

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Se extenderá constancia de participación a los asistentes que concluyan el proceso de inscripción, realicen el pago correspondiente y asistan, como mínimo, al 80% de las clases.

El curso se llevará a cabo de manera virtual usando la plataforma Zoom. Las sesiones serán grabadas y permanecerán disponibles hasta 1 mes después del evento. Además habrá apoyo técnico para la instalación de los ambientes de terminal tipo Linux, y resolución de problemas durante todo el evento.

El curso se llevará a cabo en formato online martes y jueves de 9:00 a 13:30 (hora centro México ) del martes 31 de Mayo 2022 al martes 05 de Julio del 2022, cubriendo un total de 60 hrs en 11 días, 44 horas sincrónicas y al menos 16 asincrónicas.

• $125 USD, ($2,500.00 MXN). Estudiantes con comprobante oficial vigente no mayor a un año (pueden ser: credencial de estudiante sellada del año vigente, boleta de calificaciones, carta membretada y firmada por su asesor)
• $185 USD, ($3,700.00 MXN). Público general interesado en tomar el curso

Los costos antes mencionados incluyen una membresía por un año a la Red Mexicana de Bioinformática ó el descuento del 10% al 20% a los miembros activos. La lista de aceptados se irá publicando según se aprueben y validen sus documentos y pagos.

Una vez que el interesado llene la SOLICITUD DE INSCRIPCIÓN eligiendo el curso al que se desea inscribir, podrá realizar su pago con las instrucciones que les enviaremos a su correo electrónico. También es importante mencionar que al momento de realizar el pago, es importante definir como concepto: 'CURSO UUSMB'

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Nota: es importante mencionar que en el caso de los estudiantes, al momento de seleccionar el curso al cual desea inscribirse, se le solicitará un comprobante oficial vigente de estudiante (pueden ser: credencial de estudiante sellada, boleta de calificaciones, carta membretada y firmada por su asesor)

Se recibirán solicitudes en nuestro portal de cursos SAC (Sistema de Administración de Cursos) a partir del jueves 24 de Marzo 2022 y hasta cubrir el cupo máximo de personas. Todas las solicitudes que se reciban posterior a cubrir el cupo quedarán en lista de espera, favor de enviar correo a: curso_uusmb@ibt.unam.mx

• Para inscribirte al curso ingresa al siguiente sitio : SAC (Sistema de Administración de Cursos)
• Después de registrarte( si eres nuevo usuario) o bien haber iniciado sesión debes elegir el curso al que deseas inscribirte.
• Conoce nuestro Sistema de Administracion de Cursos

Día 1. Martes 31 de Mayo de 2022. Introducción al curso de herramientas bioinformáticas

HORARIO	TEMA	PONENTE
08:45 - 09:00	Registro de participantes. Definición de reglas e instrucciones para acceder al material.
09:00 - 09:10	Presentación del curso, módulos, profesores y horarios.	Dr. Alejandro Sánchez
09:10 - 09:15	Presentación de Red Mexicana de Bioinformática	Dra. Irma Martínez
09:15 - 09:20	Recomendaciones generales del uso de zoom, código de conducta	MC. Verónica Jiménez
09:20 - 11:15	Conexión al servidor(windows, mac, linux),Secure Copy	MC. Jérôme Verleyen MC. Verónica Jiménez Lic. Jonathan Sánchez Ing. Leslie Matías
11:15 - 11:30	Receso
11:30 - 13:30	Práctica de conexión y movimiento de archivos, resolución de problemas

Día 2. Jueves 02 de Junio de 2022. Introducción a la bioinformática en línea de comandos

HORARIO	TEMA	PONENTE
08:30 - 9:00	Resolución de dudas de la sesión anterior
09:00 - 11:15	Módulo 1. Instalación de un ambiente unix e introducción a los sistemas operativos en línea de comandos.	MC. Jérôme Verleyen
11:15 - 11:30	Receso
11:30 - 13:30	Módulo 1.Línea de comandos en linux	MC. Jérôme Verleyen
13:30 - 14:00	Resolución de ejercicios y dudas

Día 3. Martes 07 de Junio de 2022. Introducción a la bioinformática en línea de comandos

HORARIO	TEMA	PONENTE
08:30 - 9:00	Resolución de dudas de la sesión anterior
09:00 - 11:15	Módulo 1. Línea de comando en linux	MC. Jérôme Verleyen
11:15 - 11:30	Receso
11:30 - 13:30	Módulo 1.Línea de comandos en linux	MC. Jérôme Verleyen
13:30 - 14:00	Resolución de ejercicios y dudas

Día 4. Jueves 09 de Junio de 2022. Introducción a las metodologías de Secuenciación Masiva

HORARIO	TEMA	PONENTE
08:30 - 9:00	Resolución de dudas de la sesión anterior
09:00 - 11:15	Módulo. Introducción a las metodologías de Secuenciación Masiva	Dr. Alejandro Sánchez
11:15 - 11:30	Receso
11:30 - 13:30	Análisis Primario de Secuenciación	MC. Karel Estrada

Día 5. Martes 14 de Junio de 2022. Alineamientos y herramientas útiles

HORARIO	TEMA	PONENTE
08:30 - 9:00	Resolución de dudas de la sesión anterior
09:00 - 11:15	Concepto de Alineamiento y análisis de alineadores	MC. Karel Estrada MC. Verónica Jiménez
11:15 - 11:30	Receso
11:30 - 13:30	Formatos SAM y BAM, uso de samtools y bamtools	MC. Karel Estrada MC. Verónica Jiménez

Día 6. Jueves 16 de Junio de 2022. Ensamblado de Genomas Novo

HORARIO	TEMA	PONENTE
08:30 - 9:00	Resolución de dudas de la sesión anterior
09:00 - 11:15	Módulo 4: Introducción a los conceptos básicos de reconstrucción de secuencias. – OLC – Gráficas de De Bruijn	MC. Karel Estrada MC. Verónica Jiménez
11:15 - 11:30	Receso
11:30 - 13:30	Módulo 5: Herramientas para llevar a cabo ensamblado de genomas de novo con lecturas cortas y lecturas largas Predicción y anotación de Genes	MC. Karel Estrada MC. Verónica Jiménez

Día 7. Martes 21 de Junio de 2022. Ensamblado de transcriptomas

HORARIO	TEMA	PONENTE
08:30 - 9:00	Resolución de dudas de la sesión anterior
09:00 - 11:15	Introducción al Transcriptoma de Novo Con Trinity	MC. Karel Estrada MC. Verónica Jiménez
11:15 - 11:30	Receso
11:30 - 13:30	Transcriptoma de Novo Con Trinity	MC. Karel Estrada MC. Verónica Jiménez

Día 8. Jueves 23 de Junio de 2022. Lenguaje R

HORARIO	TEMA	PONENTE
08:30 - 9:00	Resolución de dudas de la sesión anterior
09:00 - 11:15	Introducción a R. De variables a Data Frames en R	Dra. Leticia Vega
11:15 - 11:30	Receso
11:30 - 13:30	Graficando datos con ggplot en R	Dra. Leticia Vega

Día 9. Martes 28 de Junio de 2022. Ensamble Metagenómico

HORARIO	TEMA	PONENTE
08:30 - 9:00	Resolución de dudas de la sesión anterior
09:00 - 11:15	Introducción amplicones 16S, ecología microbiana	Dra. Ernestina Godoy Dr. Alejandro Sánchez Dr. Ricardo Grande
11:15 - 11:30	Receso
11:30 - 13:30	Análisis de secuencias de amplicones 16S: Qiime2. Análisis Bioinformático: Archivos de entrada Proceso: Demux, para leer los archivos de entrada Dada2, Inferencia de ASV(OTUS) para datos de amplicones Visualizar salida de Dada2 (resumen, secuencias y tabla de conteos Anotacion taxonómica (con blast, vsearch o sklearn) contra Silva132 Core metrics, diversidad alfa y beta	Dra. Ernestina Godoy Dra. Leticia Vega

Día 10. Jueves 30 de Junio de 2022. Ensamblado Metagenómico

HORARIO	TEMA	PONENTE
08:30 - 9:00	Resolución de dudas de la sesión anterior
09:00 - 11:15	Análisis de resultados de 16s con R, con librerías qiime2R	Dra. Ernestina Godoy Dra. Leticia Vega
11:15 - 11:30	Receso
11:30 - 13:30	Análisis de resultados de 16s con R, con librerías qiime2R	Dra. Ernestina Godoy Dra. Leticia Vega

Día 11. Martes 05 de Julio de 2022. Expresión Diferencial y Anotación

HORARIO	TEMA	PONENTE
08:30 - 9:00	Resolución de dudas de la sesión anterior
09:00 - 11:15	Expresión diferencial	Dra. Leticia Vega MC. Verónica Jiménez
11:15 - 11:30	Receso
11:30 - 13:30	Expresión diferencial	Dra. Leticia Vega MC. Verónica Jiménez
14:00 - 15:00	Comida
15:00 - 18:00	Convivencia y rifa